После завершения своей службы в 501-ом секретном отделе, Мотоко Кусанаги оказывается под началом Дайсукэ Арамаки. Её новый руководитель ставит перед ней сложную задачу: расследовать взлом искусственного интеллекта Логикомы. Бато, её старый соратник, начинает формировать команду для выполнения этой миссии. В её состав он привлекает Исикаву, бывшего офицера разведки, и Бому, эксперта по взрывчатым веществам. Вместе они готовятся к опасной операции, которая потребует от них всех навыков и опыта.
Кусанаги, понимая важность миссии, решает привлечь к расследованию ещё двух специалистов. Снайпер Сайто, мастер точных выстрелов, и тайный агент Падзу, обладающий уникальными навыками скрытности, становятся частью команды. Каждый из них привносит свои уникальные способности, которые могут стать ключом к успеху. Однако, чем глубже они погружаются в расследование, тем больше понимают, что за взломом стоит нечто большее, чем просто хакерская атака. Им предстоит столкнуться с неизвестной угрозой, которая может изменить их мир.
Девятый отдел снова в деле, и на этот раз их миссия становится ещё более сложной и опасной. Команда должна не только раскрыть тайну взлома, но и предотвратить возможные последствия, которые могут повлиять на весь мир. В процессе расследования они сталкиваются с новыми вызовами, которые проверяют их на прочность. Каждый шаг приближает их к разгадке, но также увеличивает риски. Смогут ли они справиться с этой задачей и защитить то, что им дорого? Ответ на этот вопрос станет известен только в конце их пути.
