Действие разворачивается спустя некоторое время после событий первого сезона. Ёко, увлечённая подводными исследованиями у берегов Мадагаскара, продолжает свои научные изыскания. Тем временем Мадока, потерявшая способность активировать «глаз ауры», решает вернуться в родную Камогаву. В её отсутствие дом наполняется письмами от старых друзей — Лана и Мугинами, которые делятся своими новостями и поздравляют её с наступающим Новым Годом.
Проходят месяцы, и очередной учебный год подходит к концу. Мадока успешно переходит в следующий класс, а её день рождения уже не за горами. В это время её лучшие подруги отправляются в увлекательное путешествие на планету Полигидрон, где расположен межгалактический туристический центр. Там они посещают точную копию Камогавы, что вызывает у них смешанные чувства ностальгии и удивления.
Сюжет постепенно раскрывает новые грани жизни героев, показывая, как каждый из них справляется с изменениями и трудностями. Мадока, несмотря на потерю своих способностей, продолжает искать своё место в мире, а её друзья, находясь далеко, остаются с ней связаны невидимыми нитями дружбы. История балансирует между повседневностью и фантастикой, создавая уникальную атмосферу, которая захватывает зрителя с первых минут.
