Прошло два года с момента последнего масштабного столкновения с фестумами. Жители острова Тацумия начали понемногу возвращаться к привычной жизни, пытаясь забыть ужасы прошлого. Однако для Кадзуки Макабэ, потерявшего зрение, эти годы стали временем сомнений и разочарований. Он всё чаще сомневается в обещании, которое дал ему Соси Минасиро перед своим исчезновением. Соси клялся, что вернётся, и всё станет как прежде, но время идёт, а надежда тает с каждым днём.
Всё меняется, когда в бухте острова появляется загадочная подводная лодка. На её борту находится юноша по имени Мисао Курусу, который утверждает, что его послал сам Соси. Это событие становится началом новой волны противостояния между людьми и фестумами. Кадзуки и его товарищи, пилоты фафниров, вынуждены снова вступить в бой. Но на этот раз ставки выше, чем когда-либо: от исхода этой битвы зависит не только их судьба, но и будущее всего человечества.
С появлением Мисао вражда обостряется, и Кадзуки приходится столкнуться не только с внешними угрозами, но и с внутренними сомнениями. Ему предстоит сделать выбор, который определит, сможет ли он сохранить веру в обещание Соси и в себя самого. В этой битве, возможно, самой важной в их жизни, пилоты фафниров сражаются не только за выживание, но и за шанс на мирное будущее для всех.