Группа археологов совершает невероятное открытие, обнаружив древнюю гробницу, принадлежащую египетскому богу Анубису. Пробудившись от многовекового сна, Анубис решает бросить вызов Фараону, чтобы восстановить свою власть. Это событие становится началом новой эпохи, где мифы и реальность переплетаются, а древние силы вновь вступают в борьбу за господство.
Тем временем завершается знаменитый турнир Баттл-Сити, организованный Сэто Кайбой, целью которого было заполучить три легендарные карты богов. Юги, победивший в этом состязании, становится всемирно известным дуэлянтом. Однако Сэто узнаёт о существовании ещё одной карты, способной противостоять богам, и отправляется в Королевство дуэлянтов, чтобы завладеть ею. Эта карта оказывается ключом к древним тайнам, но также несёт в себе огромную опасность.
Карта, которую ищет Сэто, оказывается связанной с Анубисом и является воплощением тьмы. Её сила способна разрушить всё, что стоит на пути, и принести хаос в мир. Юги и его друзья оказываются втянутыми в новое противостояние, где им предстоит не только защитить себя, но и предотвратить катастрофу, которую может вызвать пробуждение древнего зла. Судьба мира теперь зависит от их решений и силы духа.
