В альтернативной вселенной, где наука и магия переплетаются, разворачиваются захватывающие события вокруг Академии-Сити. Главный герой, Тома Камидзё, несмотря на потерю памяти, продолжает бороться за справедливость. Единственное, что он не может забыть, — это его подруга Индекс, которая становится причиной новых испытаний. В её руках находятся 103 тысячи запрещённых гримуаров, которые вызывают интерес у могущественных магов и религиозных организаций. Эти силы готовы на всё, чтобы заполучить знания, скрытые в книгах.
Но у Тома и Индекс есть верные союзники, среди которых — сильнейшие эсперы Акселератор и Мисака. Вместе они готовы противостоять любым угрозам, будь то маги, учёные или религиозные фанатики. В Академии-Сити кипят не только магические и научные конфликты, но и личные драмы. Например, отношения между Акселератором и Микото Мисаки полны напряжения и эмоций, что добавляет истории глубины. Героям предстоит столкнуться с множеством врагов, включая английских рыцарей и римских католиков, которые стремятся использовать запрещённые знания в своих целях.
На фоне глобальных событий разворачиваются не только эпические битвы, но и сложные моральные дилеммы. Учёные Академии проводят опасные эксперименты, которые могут изменить судьбу мира. Тома и его друзья оказываются в центре этой бури, где каждый шаг может стать решающим. Смогут ли они защитить Индекс и её гримуары? Удастся ли им сохранить мир в Академии-Сити? Ответы на эти вопросы зрители узнают, погружаясь в захватывающий сюжет, полный неожиданных поворотов и ярких персонажей.