После долгих лет изнурительной войны между людьми и разумными машинами, известными как механоиды, наступило хрупкое перемирие. Вселенная, некогда охваченная пламенем сражений, теперь пытается восстановиться. Земля, едва избежавшая полного захвата механоидами, стала символом надежды для обеих сторон. Однако мир оказался лишь временной передышкой. Зеро, бывший адмирал флота человечества, теперь командует скромным буксирным судном. Несмотря на потерю семьи в войне, он продолжает служить своей планете, хотя и в иной роли.
Однажды во время рутинного задания Зеро сталкивается с загадочным пиратским кораблём, известным как «Тень смерти». В неравном бою он терпит поражение, но это событие становится началом новой главы в его жизни. Вскоре Зеро получает задание от командования: выследить и захватить легендарного пирата Харлока, который, как выясняется, и был капитаном того самого корабля. Теперь, под флагом Независимого Флота, Зеро отправляется в опасное путешествие по просторам Галактики, чтобы найти своего заклятого врага.
На своём пути Зеро объединяет усилия с бывшим военным линкором «Кария» и собирает команду, состоящую как из людей, так и механоидов. Вместе они исследуют далёкие уголки Вселенной, сталкиваясь с новыми угрозами и раскрывая тайны, оставшиеся после войны. Поиски Харлока превращаются не только в миссию мести, но и в путь самопознания для Зеро. Сможет ли он найти легендарного пирата и что ждёт его в конце этого пути? Ответы скрыты среди звёзд, и только отвага и решимость помогут Зеро пройти через все испытания.